（一）申请机构不一样。商标是通过商标局进行申请的，版权是通过中国版权登记中心进行登记的。

（二）保护对象不同。我国商标权的获得必须履行商标注册程序，而且实行申请在先原则。

《中华人民共和国商标法》规定，经商标局核准注册的商标为注册商标，商标注册人享有商标专用权，受法律保护。著作权一般自动产生，不需要经过某些特别程序，根据《中华人民共和国著作权法》的规定，我国的公民和法人以及非法人组织是以作品的完成为著作权产生的标志而不是发表时。

（三）保护期限不同。商标的期限只有10年有限期，超过10年需要进行商标续展。而版权进行登记之后，保护期为作者终生及死后50年。

（四）客体不同。商标是区别同一商品或者服务的不同经营者并表明商品或者服务质量的商标标识本身。而版权（著作权）是针对文字、音乐、艺术、科学创作等原创的保护。

二、什么是知识产权诉讼时效

侵犯知识产权的诉讼时效为3年，自权利人知道或应当知道之日起计算。专利权、商标权或著作权的权利人超过3年起诉的，如果该知识产权仍在保护期内，人民法院应当判决责令被告停止侵权行为;侵权损害赔偿数额应当自权利人向人民法院起诉之日起向前推算3年计算。

值得注意的是：侵犯专利权的诉讼时效为3年，权利人超过3年起诉的，如果侵权行为在起诉时仍在继续，在该项专利权有效期内，人民法院应当判决被告停止侵权行为。